חשבות החטיבה להתיישבות אחראית על ביצוע הפעולות הכספיות בחטיבה להתיישבות.
בראש חשבות החטיבה להתיישבות עומד חשב מטעם אגף החשב הכללי באוצר.
החשבות אמונה על ביצוע תקציב החטיבה, פיקוח על ביצוע פעולות על-פי חוק חובת מכרזים והוראות התכ"מ.
כמו-כן עוסקת חטיבת החשבות בגביית החזרי הלוואות שניתנו לאגודות ומתיישבים ,בטיפול בהכנסות משכ"ד של מבנים בבעלות החטיבה להתיישבות ובאגרות שונות ועוד.